液體樣品相對容易獲得，液體食品通常放在大罐子裏，取樣可以連續或間歇攪拌。對於較小的容器，液體可以在取樣前上下混合。獲得的樣品應放置在滅菌容器中，取樣前應將液體混合到實驗室中。固體樣品常用的取樣工具包括解剖刀、勺子、軟木鑽、鋸子、鉗子等。無菌取樣袋，使用前必須消毒。如果奶粉等食物混合均勻，其成分質量均勻穩定，可以抽取少量樣品進行檢測;散裝樣品應從多個點取樣，每個點應單獨處理，並在檢測前混合均勻;肉和表麵汙染。
取水樣時，使用無菌取樣袋。如從水龍頭取樣，應清潔水龍頭的內外。打開水龍頭，讓水流幾分鍾，關掉水龍頭，用酒精燈燃燒，再次打開水龍頭，讓水流1-2分鍾，然後連接樣品，裝滿取樣瓶。如果檢測目的是跟蹤微生物的汙染源，建議在水龍頭消毒前取樣，並在水龍頭內外塗上棉簽，以檢測水龍頭自身汙染的可能性。從水庫、河流、井水等取水樣品時，用無菌取樣袋或工具取出瓶子，打開瓶塞，直接從流水中取樣。
